Príprava na vyraďovanie
V čase rozhodnutia o definitívnom odstavení JE A1 vo svete ešte neboli dostatočné skúsenosti s bezpečným zvládnutím procesu vyraďovania JE. V Československu v tom období neexistovala legislatíva stanovujúca rámce vyraďovania jadrových zariadení a ani technické podmienky na realizáciu takýchto činností. Okrem legislatívnych a administratívnych podmienok a personálneho zabezpečenia činností sa postupne vyvíjali a vybudovali špecifické technologické zariadenia na nakladanie s rádioaktívnymi odpadmi (RAO) a vyhoretým jadrovým palivom, vrátane úložiska na finálne uloženie RAO a súvisiacich prepravných zariadení.
Práce do roku 1994 boli zamerané predovšetkým na odstraňovanie následkov prevádzkových udalostí. Následne do roku 1999 prebiehala fáza prípravy na vyraďovanie. Realizované činnosti boli zamerané na demontáž niektorých technologických zariadení, na vytvorenie priestorov na inštaláciu technologických liniek na nakladanie s rádioaktívnymi materiálmi, dekontamináciu vybraných priestorov, najmä v hlavnom výrobnom bloku a vyvezenie vyhoretého jadrového paliva používaného v reaktore JE A1 do bývalého Sovietskeho zväzu.

Proces vyraďovania
Získaním povolenia dozorných orgánov v roku 1999 na vyraďovanie sa začal samotný kontinuálny proces vyraďovania JE A1, ktorý je rozdelený do piatich, po sebe nasledujúcich etáp, s časovým harmonogramom jej ukončenia do roku 2033.

I. etapa
Cieľom I. etapy vyraďovania bolo uvedenie JE A1 do radiačne bezpečného stavu. Realizované činnosti v tejto etape sa týkali riešenia úloh v oblasti dlhodobého skladu, spracovania kvapalných RAO vo vonkajších objektoch, kontaminovaných vôd a technologických zariadení v hlavnom výrobnom bloku elektrárne. Príprava budúcich projektov na dekontamináciu a likvidáciu zariadení primárneho okruhu a tiež zrevidovanie priorít budúcich prác zameraných na rozšírený monitoring reaktora, ťažkovodného a plynového okruhu.

II. etapa
Činnosti v tejto etape sú zamerané na odstránenie environmentálnych záťaží z vonkajších objektov JE A1, vyberanie a triedenie kontaminovaných zemín a betónovej sutiny, monitorovanie a sanáciu podzemných a priesakových vôd, spracovanie a úpravu historických RAO a RAO z vyraďovania JE A1, vyraďovanie technologických zariadení a stavebných celkov vonkajších objektov a technologických zariadení v dlhodobom sklade pre vyhoreté jadrové palivo v hlavnom výrobnom bloku JE A1 a dlhodobého skladu pre vyhoreté jadrové palivo.
V rámci II. etapy bola zároveň zrealizovaná výstavba úložiska veľmi nízko aktívnych odpadov v jadrovom zariadení Republikové úložisko RAO, v rozsahu výstavby jeho 1. modulu, určeného na ukladanie veľmi nízko aktívnych odpadov z vyraďovania JE A1.

III. a IV. etapa
Na II. etapu vyraďovania JE A1 kontinuálne nadväzuje III. a IV. etapa. Činnosti sú sústredené na pokračovanie vyraďovania dlhodobého skladu pre vyhoreté jadrové palivo, spracovanie kalov z dlhodobého skladu, puzdier dlhodobého skladovania vyhoretého jadrového paliva a kvapalných RAO z vonkajších nádrží zložiska kvapalných RAO, vyraďovanie navzájom úzko prepojených technologických častí, (parogenerátory a ich príslušenstvo, turbokompresory, sekčné armatúry).

V. etapa
Predmetom záverečnej etapy vyraďovania JE A1 je samotný jadrový reaktor a súvisiace zariadenia v šachte reaktora, krátkodobý sklad vyhoretého jadrového paliva, bazén dlhodobého skladu pre vyhoreté jadrové palivo a zariadenia umiestnené v reaktorovej sále, ktoré boli vybudované a využívané pre samotný proces vyraďovania, najmä v oblasti nakladania s vyhoretým jadrovým palivom. Zároveň bude pokračovať vyraďovanie zostávajúcich parogenerátorov s príslušenstvom. Z vyraďovania týchto zariadení je určitá časť RAO neuložiteľná v Republikovom úložisku nízkoaktívnych odpadov a bude skladovaná v Integrálnom sklade RAO do doby vybudovania hlbinného úložiska.

Životné prostredie
Vplyv aktivít vyraďovania JE A1 na životné prostredie počas jednotlivých etáp je pred ich začiatkom verejne posudzovaný v rámci EIA procesu podľa zákona č. 24/2006 Z. z. o posudzovaní vplyvov na životné prostredie. V procese vyraďovania JE A1 sú zložkami ovplyvňujúcimi životné prostredie najmä plynné a kvapalné výpuste rádioaktívnych látok, ktorých hodnoty dosahujú jednotky až zlomky percent z legislatívne povolených limitov uvoľňovania rádioaktívnych látok do životného prostredia. Väčšina vzniknutých odpadov spĺňa limity na uloženie na Republikovom úložisku RAO, časť odpadov bude v budúcnosti uložená v hlbinnom úložisku a veľké množstvo materiálov je po ich dekontaminácii, v súlade s prísnymi legislatívnymi limitmi pre uvoľňovanie rádioaktívnych materiálov do životného prostredia, uvoľnené do životného prostredia.

Priorita bezpečnosti
Vyraďovanie JE A1 je kontinuálny a vzhľadom na spôsob ukončenia jej prevádzky veľmi zložitý a špecifický proces. Pri jeho náročnej realizácii je hlavným kritériom všetkých činností bezpečnosť, pričom doteraz nebol z hľadiska jadrovej bezpečnosti a radiačnej ochrany zaznamenaný žiadny významnejší negatívny vplyv týchto činností na životné prostredie. Vyraďovacie práce sú realizované kontinuálne v súlade s vládou SR schváleným strategickým dokumentom Návrh vnútroštátnej politiky a vnútroštátneho programu nakladania s vyhoretým jadrovým palivom a rádioaktívnymi odpadmi v SR, ako aktualizácia strategického dokumentu Stratégia záverečnej časti mierového využívania jadrovej energie v SR, vypracovanom podľa smernice EK 2011/70/Euratom, s cieľom úplného uvoľnenia areálu elektrárne na ďalšie priemyselné využitie.