Odstavením oboch blokov JE V1 v roku 2006, resp 2008 začala etapa ukončovania prevádzky, ktorá je definovaná ako časový úsek začínajúci konečným odstavením 1. bloku, pokračujúci konečným odstavením 2. bloku a končiaci po splnení technických a legislatívnych opatrení, získaním povolenia na vyraďovanie od ÚJD SR. Etapa ukončovania prevádzky zahŕňa taktiež vyvezenie vyhoreného jadrového paliva do medziskladu vyhoreného paliva a vyvezenie všetkých prevádzkových rádioaktívnych odpadov (RAO) z bloku.

Ešte pred odstavením 1. bloku bol vypracovaný dokument Koncepcia ukončovania prevádzky JE V1, kde sa definovali všetky fázy obdobia ukončovania prevádzky a určilo, ktoré systémy a zariadenia sú počas celého obdobia nutné a musia zostať funkčné a ktoré už nie sú potrebné.
Vyraďovanie jadrovej elektrárne je zložitý proces a v mnohých aspektoch je odlišný od demontáže nejadrového zariadenia. Aj počas tohto procesu musí byť zachovaná disciplína, systémovosť prác, kontrola celého procesu a vysoká úroveň kultúry riadenia procesu. Významnú úlohu tu zohráva aj ekonomické hľadisko, aby vyraďovanie elektrárne bolo pri zachovaní všetkých atribútov bezpečnosti čo najlacnejšie.

V súlade so slovenskou legislatívou bol vypracovaný Koncepčný plán vyraďovania (KPV). Tento dokument poskytol všeobecné technické a finančné informácie o možných a rozumne vykonateľných alternatívach vyraďovania. Zo štyroch alternatív, analyzovaných v koncepčnom pláne bola následne zvolená alternatíva bezprostredného vyraďovania (IDO). Hlavnou črtou tejto alternatívy je bezprostredná a plynulá demontáž zariadení, demolácia budov až na dno stavebnej jamy a príprava lokality na ďalšie využitie.

V časovom období 1. etapy vyraďovania v rokoch 2011–2014 sú plánované demontáže neaktívnych systémov a zariadení, demolácia stavebných objektov (hlavne chladiacich veží), ako aj príprava 2. a záverečnej etapy vyraďovania JE V1. Celkové náklady na vyraďovanie V1 sú vyčíslené na 1,1 mld. eur.